ประดิษฐานอยู่หลังพระอุโบสถเป็นพระเจดีย์ที่มีอยู่ก่อนแล้ว เมื่อถึงรัชกาลที่ ๕ โปรดให้ปฏิสังขรณ์ใหม่เป็นรูปทรงเลียนแบบสมัยศรีวิชัย ครอบพระเจดีย์องค์เดิม ต่อมารัชกาลที่ ๔ โปรดให้สร้างต่อโดยพระเจ้าบรมวงศ์เธอ กรมพระนเรศวรฤทธิ์เป็นผู้ควบคุมการออกแบบและการก่อสร้าง ได้ประดิษฐานพระพุทธรูปศิลาแบบมหายานในซุ้มคูหาทั้ง ๔ ทิศ
ตำแหน่งต่าง ๆ ของพระพุทธรูปภายในซุ้มเจดีย์ ๑.ทิศเหนือ พระอโมฆสิทธิอยู่ในปางอภัยมุทราหรือปางประทานอภัย ๒.ทิศใต้ พระรัตนสัมภวะอยู่ในปางประทานพร ๓.ทิศตะวันออก พระอักโษภยะอยู่ในปางภูมิสปรรศมุทราหรือปางสัมผัสธรณี ๔.ทิศตะวันตก พระอมิตาภะอยู่ในปางสมาธิ
เป็นหนึ่งในพระเจดีย์-พระพุทธรูปที่มีความโดดเด่นเป็นเอกลักษณ์ประจำวัดราชาธิวาสวิหาร เป็นประติมากรรมที่ผสมผสานทั้งศิลปะไทย ชวา และอินเดียเข้าด้วยกัน